外形不同
圆柏:幼树的枝条通常斜上伸展,形成尖塔形树冠,老树下部大枝平展,形成广圆形的树冠。
侧柏:枝条向上伸展或斜展,幼树树冠卵状尖塔形,老树树冠则为广圆形。
叶片不同
圆柏:叶二型,即一株上同时可以看到刺叶和鳞状叶。
侧柏:叶全部为鳞状叶,扁平,在小枝上排成一个平面。
花不同
圆柏的花是雌雄异株,多数的情况下在一株圆柏上只能看到雄球花或是雌球花。
侧柏是花是雌雄同株,可以在一株侧柏上同时看到雄球花和雌球花。
球果不同
圆柏:球果近圆球形,被白粉,有棱脊及少数树脂槽。两年成熟,成熟后为暗褐色。
侧柏:球果卵圆形或近椭圆形,顶端具外弯曲的尖头,灰褐色或紫褐色,表面覆有一层白色粉。当年成熟,成熟后为红褐色木质感开裂状态。
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